曼哈顿图

曼哈顿图按染色体与位置展示外部关联检验的显著性结果,使局部信号与全基因组背景同时可见。

曼哈顿图编辑器:数据录入与图表预览

数据录入

标签与配色

PNG / SVG 导出

让数据,清晰可见

位点 · 染色体 · 位置(bp) · P 值

曼哈顿图绘图效果

使用步骤

  1. 1

    准备与核对数据

    先查看下面的演示数据与字段说明,确认手中数据符合“全基因组关联”的输入要求。图例数据用于演示,正式制图时替换成自己的记录。

  2. 2

    录入并检查预览

    按当前字段录入,或先从 Excel 等表格整理并另存为 CSV/TXT,再通过“导入数据”检查预览。

  3. 3

    设置图型与图注

    在图型设置中核对参考阈值、Bonferroni α、全研究检验数 m(0=当前表)、参考 P 阈值。填写有含义的标题、单位和分组名,再调整主题、字号、图例与标签;有来源或方法说明时可添加图注并调整位置。

  4. 4

    导出并保存编辑稿

    选择 PNG 或 SVG,放进实际论文或 PPT 版面核对文字与比例;另存可编辑文件,以便更新数据或重新排版。

详细介绍

曼哈顿图是什么,适合表达什么

曼哈顿图按染色体与位置展示外部关联检验的显著性结果,使局部信号与全基因组背景同时可见。不同染色体以颜色区分。

常见名称包括GWAS曼哈顿图、Manhattan图、全基因组关联图、Manhattan plot。选图时可以按这些名称搜索,进入后仍需核对本页的数据含义与输入格式。

如何读图与比较结果

先核对组装坐标、检验概率口径和参考阈值,再看信号区域。当前表的位点数未必是全研究检验数,显著峰也不能直接解释为因果变异或已完成校正。

数据准备与绘图口径

按本页字段准备位点、染色体、位置(bp)、P 值。至少需要 2 行有效数据。同一指标应使用一致单位,缺失值与真实零值需要区分。

位置为非负bp,0<P≤1;纵轴−log10(P),染色体按自然顺序拼接。虚线为输入位点数m的Bonferroni 0.05/m,不冒充全研究既定阈值。

适用场景

  • 全基因组关联报告
  • 位点显著性概览

数据格式

按下列字段准备数据,至少 2 行有效记录。示例仅用于说明格式。

曼哈顿图演示数据(前 6 行)
位点染色体位置(bp)P 值
rs100011000000.1
rs100111800000.0068129
rs100212600000.00046416
rs100313400000.000031623
rs100414200000.0000021544
rs100515000000.021544
数据要求与统计口径

位置为非负bp,0<P≤1;纵轴−log10(P),染色体按自然顺序拼接。虚线为输入位点数m的Bonferroni 0.05/m,不冒充全研究既定阈值。

位点
文本 / 类别 · 按格式填写
染色体
文本 / 类别 · 按格式填写
位置(bp)
数值 · 按格式填写
P 值
数值 · 按格式填写

图型设置:参考阈值、Bonferroni α、全研究检验数 m(0=当前表)、参考 P 阈值。

图例是固定演示数据,正式使用时请替换为自己的数据。

方法与图例参考 ↗

交稿前核对清单

  • 输入字段与“曼哈顿图”一致,原始观测和分析结果没有混用。
  • 轴名、单位、分组和样本标识能让读者理解每个数值。
  • 先核对组装坐标、检验概率口径和参考阈值,再看信号区域。
  • 图例与颜色对应正确,缩到实际版面后文字仍清楚、标签无遮挡。
  • 图注说明必要的方法与数据来源,区间或误差采用真实口径。
  • 导出图与编辑稿已保存,演示记录已替换为正式数据。

常见问题

曼哈顿图需要准备哪些数据?

按字段准备位点、染色体、位置(bp)、P 值,至少需要2行有效数据。每行及每列的含义应与当前图型保持一致。

曼哈顿图适合表达什么?

曼哈顿图按染色体与位置展示外部关联检验的显著性结果,使局部信号与全基因组背景同时可见。不同染色体以颜色区分。

曼哈顿图采用什么绘图口径?

位置为非负bp,0<P≤1;纵轴−log10(P),染色体按自然顺序拼接。虚线为输入位点数m的Bonferroni 0.05/m,不冒充全研究既定阈值。

参考阈值、Bonferroni α可以调整吗?

可以在对应编辑器的图型设置中调整参考阈值、Bonferroni α。选项范围与数据定义一致;如有阈值或单位,应与实际分析方法同时核对。

Excel中的数据如何导入?

先按本页字段整理表格,另存为CSV或TXT,再通过编辑器“导入数据”上传。在导入预览中检查表头、数值与分组;数值字段不要混入单位或百分号。

能修改标签、图例和配色吗?

可以通过模块的样式设置调整主题、字号、图例和标签,具体选项随图型变化。正式导出前检查标签是否遮挡、分组颜色能否区分,以及坐标轴是否写明单位。

曼哈顿图如何导出到论文或PPT?

使用编辑器的导出入口选择PNG或SVG。PNG适合直接插入论文和演示稿,SVG可保留矢量线条;导出后在实际版面中检查字号、比例与清晰度。

可以保存图表,下次继续编辑吗?

可以保存可编辑文件,之后在学术图表工具中导入,继续调整数据和设置。需要通过使用记录找回时,应确认记录已经成功保存;关闭页面前另存文件更便于迁移。

演示数据可以直接作为研究结果吗?

不能。图例是用于说明数据格式和绘图效果的固定演示样例,正式使用时必须替换为自己的数据,并按实际分析方法和研究设计解释。

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